非酒精性脂肪肝常见的肝功能异常为ALT和AST水平升高2～5倍，亦有转氨酶升高10～15倍的个案报道。与酒精性肝病不同，65％～90％的非酒精性脂肪肝病例AST/ALT＜1，两者比值＞1常表明非酒精性脂肪性肝炎程度严重或已并发肝硬化。不到50％的病例ALP和GGT升高2～3倍。血清总胆红素和白蛋白水平以及吲哚菁绿廓清率一般无明显变化，否则需警惕并发重症脂肪性肝炎，但糖尿病性脂肪肝有时可因糖尿病肾病出现低白蛋白血症。有2项研究报道，50％的非酒精性脂肪肝病例血清铁蛋白升高，6％～14％病例转铁蛋白饱和度升高。尽管如此，非酒精性脂肪肝病例肝组织铁含量并未明显增加，铁指数总是小于1.9。血清胆碱酯酶和卵磷脂胆固醇酰基转移酶活力常升高，并可能与其肝内脂肪浸润程度呈正相关，而其他原因性脂肪肝两酶活性多无明显改变甚至较正常减少。血清肝纤维化标志物的检查有助于反映脂肪肝是否已并发肝纤维化和肝硬化。特发性非酒精性脂肪肝病例血浆脂质（主要为甘油三酯）、葡萄糖和尿酸水平多升高并常伴有胰岛素抵抗现象。