脂肪肝可以是一个独立的原发疾病，但更多的是全身性疾病累及肝脏的表现。引起肝内脂肪过量蓄积的病因甚多，其作用程度及彼此间的关系迄今仍未充分阐明。临床上，引起脂肪肝的常见原因有过量饮酒、肥胖症、糖尿病、高脂血症、饥饿、高脂肪低蛋白饮食、蛋白质-热量不足性营养不良、静脉高能营养治疗、小肠改道手术、四环素、四氯化碳、黄磷和胺碘酮等药物或工业毒物、肝炎病毒感染（特别是丙型肝炎病毒感染）、妊娠急性脂肪肝、Reye综合征、内分泌代谢障碍（如皮质醇增多症、甲状腺功能亢进、长程糖皮质激素治疗）以及一些慢性感染与炎症（如炎症性肠病、慢性结核病）等。在不同时期、不同的国家和人群中，脂肪肝的病因构成比、临床表现及预后不一。比如，在“三年自然灾害时期”，我国农村居民中营养不良性脂肪肝尤为多见。近年来，随着经济水平的提高，脂类食物和饮酒增多，肥胖、糖尿病、高脂血症已成为上海等发达地区脂肪肝的主要病因，而北方和少数民族地区脂肪肝则主要由酒精中毒引起。有时候，某一患者几种病因可同时存在，例如饮酒、肝炎病毒感染、体重过重及药物等因素并存。